Ingeniero de profesión, Chomalí ingresó al Seminario Pontificio Mayor de Santiago en 1984, fue ordenado sacerdote en 1991 y ejerció como docente en la Universidad Católica.
Actualmente se desempeñaba como arzobispo de Concepción y vicepresidente de la Conferencia Episcopal de Chile.
En ocasión de los 50 años del golpe de Estado, Chomalí dirigió hace poco el documental “Miércoles 13:30”, sobre los detenidos desaparecidos durante la dictadura de Augusto Pinochet (1973-1990).
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