Medio siglo después de creado el Ballet Nacional de Cuba por la Prima Ballerina Assoluta Alicia Alonso, la propia fundadora inauguró la institución -adscripta al Consejo Nacional de Patrimonio Cultural- también en el contexto del Festival Internacional de Ballet de La Habana.
El 6 de noviembre de 1998 la excelsa bailarina y coreógrafa declaró abierta la galería, acontecimiento significativo para el mundo de la danza por los atributos que a partir de ese momento comenzaron a exhibirse en el sitio, sobre todo, objetos usados por la diva en muchas de sus obras bailadas.
La idea, forjada desde 1945 por la artista, se dedicó en un principio al ballet clásico, sin embargo, poco a poco su diseño abarcó el folklor y lo popular.
Entre las colecciones del Museo Nacional de la Danza sobresale la privada de Alicia Alonso, además, de una muestra de arte decorativo perteneciente a los siglos XVII y XIX.
Con esta historia, la institución se convirtió en el único museo de su especialidad en América Latina y el Caribe, y uno de los pocos a nivel mundial.
En este cuarto de siglo, bajo la dirección de Pedro Simón Martínez, la pinacoteca desarrolló una exitosa actividad con gran prestigio internacional.
Actualmente su actividad expositiva se encuentra en receso temporal, aunque sus exhibiciones han pasado por otros centros, como la Biblioteca Nacional José Martí y el Museo de Orfebrería.
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