Ésta destacada figura de la cultura y el magisterio fue también político, ensayista y periodista, y contribuyó notablemente en la educación cubana luego del cese de la dominación española sobre esta nación antillana.
Varona se incorporó en 1968 a la lucha independentista en los campos cubanos y volvió a su hogar por motivos de salud. Durante su vida ejerció el magisterio y colaboró con numerosas publicaciones.
En la etapa colonial, escribió en el periódico Patria, fundado por el prócer independentista José Martí para unir a los cubanos en torno a la lucha por la liberación del yugo de España, y al morir éste (en 1895) dirigió ese diario.
Por su incorruptibilidad y principios, en la década de 1930, devino en ícono de la juventud y el estudiantado cubano, que lo utilizó como símbolo ante la dictadura de Gerardo Machado (1925-1933).
Por su activismo político, defensa del estudiantado y abierta oposición a las intenciones de Machado de extender su mandato, fue víctima del allanamiento de su casa y maltrato físico a la edad de 80 años.
El plan de estudios para la enseñanza superior en Cuba inspirado y dirigido por el insigne pedagogo en 1900, en aquel momento secretario de Instrucción Pública, significó un extraordinario paso de avance para el desarrollo general de esta enseñanza en el país.
Las ideas contenidas en el Plan Varona sirvieron de estímulo para la gran reforma universitaria impulsada en Cuba en 1962.
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