Especialista en pista con cuatro oros en mundiales y bronce en la competición de madison de Tokio 2020, Thomas apeló a su fuerza para batir en el último ataque a un grupo de escapados.
En un peleado mano a mano con el noruego Tobias Johannessen (Uno-X Pro Cycling), el francés pudo despegarse del ganador del Tour del Porvenir 2021 para marcharse en solitario y obtener la victoria parcial.
Thomas necesitó de 3:38.31 horas para conseguir el éxito, seguido del italiano Alberto Bettiol (EF Education) y de Johannessen, ambos finalizaron a nueve segundos del galo.
El danés Mads Pedersen (Trek-Segafredo) dejó en los puertos de montaña de la jornada las opciones de mantener la camiseta amarilla del líder.
Ahora el francés comanda la clasificación general con siete segundos de ventaja ante Bettiol y 15 respecto a su compatriota Mathieu Burgaudeau (TotalEnergies), tercero.
El ecuatoriano Richard Carapaz (Ineos Grenadier), titular olímpico de ruta, sufrió una dura caída bajando el último puerto que le impidió buscar el éxito parcial.
La escapada del día la protagonizaron siete pedalistas, quienes dispusieron de tres minutos de ventaja sobre el pelotón a 54 kilómetros del final.
Al pie del Col des Brousses, último puerto puntuable del día, pero no la última dificultad, la fuga estaba condenada por el ataque de 10 ciclistas, entre ellos ya no aparecía Pedersen.
En el Col de Trelis, situado a 10 kilómetros de la sentencia, Thomas mostró su cartas y respondieron con cierta presión Bettiol y Johannessen.
El francés atacó por segunda vez y sacó un puñado de segundos decisivos con un ritmo elevado para ganar el tramo y ponerse de líder.
Mañana se correrá la etapa reina entre la localidad de Saint-Hilaire-de-Brethmas y la cima del Mont Bouquet, con un recorrido de 145 kilómetros ondulado desde la salida que incluye dos dificultades orográficas.
Clasificación de la tercera etapa:
1-Benjamin Thomas (FRA/Cofidis) 3:38.31 horas.
2-Alberto Bettiol (ITA/EF-EasyPost) a 9 segundos.
3-Tobias Halland Johannessen (NOR/Uno-X Pro Cycling) m.t.
4-Rasmus Tiller (NOR/Uno-X Pro Cycling) 15.
5-Bryan Coquard (FRA/Cofidis) m.t.
6-Edvald Boasson-Hagen (NOR/TotalEnergies) m.t.
7-Hugo Hofstetter (FRA/Arkea-Samsic) m.t.
8-Clement Champoussin (FRA/AG2R Citroen) m.t.
9-Diego Ulissi (ITA/UAE Emirates) m.t.
10. Georg Zimmermann (ALE/Intermarche-Wanty) m.t.
Clasificación general:
1-Benjamin Thomas (FRA/Cofidis) 10:53.05 horas.
2-Alberto Bettiol (ITA/EF-EasyPost) a 7 segundos.
3-Mathieu Burgaudeau (FRA/TotalEnergies) 15.
4-Connor Swift (GBR/Arkea-Samsic) 31.
5-Edvald Boasson Hagen (NOR/TotalEnergies) 33.
6-Pierre-Roger Latour (FRA/TotalEnergies) 36.
7-Tobias Halland Johannessen (NOR/Uno-X Pro Cycling) 41.
8-Toms Skujins (LAT/Trek-Segafredo) 42.
9-Bryan Coquard (FRA/Cofidis) 45.
10-Mads Pedersen (DIN/Trek-Segafredo) 51.
oda/am