El conjunto se fundó oficialmente el 24 de mayo de 1927 con la fusión del Club Náutico y la Federación Universitaria, aunque diversos autores ubican su inicio mucho antes, en 1911, con el nombre de Atlético Internado.
Fue en 1934 cuando pasó a formar parte de la rama del fútbol del Club Deportivo de la Universidad de Chile donde se mantuvo hasta 1980.
A partir de ese momento se constituyó como “Corporación de Fútbol Profesional de la Universidad de Chile”, hasta su quiebra en 2006, y un año más tarde fue entregado en concesión a la sociedad anónima Azul Azul, encargada de administrarlo desde entonces.
Su debut en la categoría profesional ocurrió el 29 de mayo de 1938, cuando se enfrentó al Magallanes y fue derrotado con marcador de tres goles a uno.
El traspié inicial no impidió que dos años después, el 8 de diciembre de 1940, consiguiera su primer título nacional y en 1964 y 1965 el bicampeonato.
La Universidad de Chile conquistó otra corona en 1970 y a partir de allí se sumergió en un largo eclipse, que incluyó el descenso a la categoría inferior hasta el resurgimiento en 1989.
Desde entonces su palmarés incluye dos bicampeonatos más, en 1994-95 y 1999-2000; su primera corona internacional al obtener la Copa Sudamericana en 2011 y ese mismo año inició el camino al tricampeonato nacional.
Los azules, como se le conoce también al equipo universitario, sufren una sequía de lauros en los últimos años, unida al creciente problema de la violencia en los graderíos, un mal que se va haciendo crónico en el balompié de Chile.
No obstante, es uno de los referentes del fútbol nacional con una afición que rebasa el ámbito capitalino y este año se mantiene en la lucha por alcanzar cupos en torneos a nivel sudamericano.
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