Los visitantes se adelantaron en el marcador con un gol de penalti del delantero neerlandés Vincent Vermeij a los 38 minutos.
Al cuarto de hora de la segunda mitad, el centrocampista Marcel Hartel marcó el 1-1 con un penalti cometido por el japonés Ao Tanaka (m. 60).
El internacional nipón se resarció del error al marcar a los nueve minutos de la prórroga el 2-1 que pareció otorgarle el triunfo al Fortuna Düsseldorf, pero cuando los visitantes comenzaban a celebrar la clasificación llegó el gol de cabeza de Carlo Bouhhalfa a los 121 minutos que llevó el duelo a la tanda de penaltis.
Desde la pena máxima, el San Pauli, pese a tomar ventaja de (3-1) con el fallo de Christoph Daferner, acabó por sucumbir con pizarra de 3-4 tras errar el brasileño Maurides y Marcel Hartel los dos últimos lanzamientos de los locales.
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