Philipsen, que ya había ganado la etapa 15 en Carcasona, superó al neerlandés Dylan Groenewegen y al noruego Alexander Kristoff, tras completarse el trazado de 115,6 kilómetros por las calles parisinas.
Como ya era casi seguro desde la víspera, Vingegaard se alzó con la camiseta amarilla por delante del esloveno Tadej Pogacar, lo contrario a lo sucedido 12 meses atrás.
Esta vez el ganador de las dos últimas ediciones se quedó a cerca de tres minutos y medio del vencedor, al término de los tres mil 350 kilómetros de recorrido.
El galés Geraint Thomas, ganador en 2018 y segundo un año después, accedió por tercera ocasión al podio, mientras que el colombiano Nairo Quintana lideró a Latinoamérica con un sexto puesto en la general.
Vingegaard se llevó además el maillot de lunares al mejor escalador, mientras que su coequipero en el Jumbo Visma, el belga Wout Van Aert, consiguió el verde de la clasificación por puntos y el corredor más combativo.
El blanco, el de mejor joven, fue para Pogacar, de 23 años, pero a pesar de la gran actuación de los pedalistas de la formación neerlandesa, la clasificación colectiva la ganó el equipo Ineos, el de más presupuesto del pelotón internacional.
La 109 edición del Tour cerró también como la más rápida de la historia, con una media superior a los 42 kilómetros por hora.
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