El combinado ecuatoriano estuvo cerca de llevarse la victoria, pero su estrella Enner Valencia erró un penal a los 82 minutos de juego.
Su derechazo cruzado a media altura fue bloqueado por el portero Daniel Schmidt.
Ecuador integra el Grupo A en la lid del orbe junto a Senegal, Holanda y Catar, equipo este último con el que disputará el partido inaugural del certamen el próximo 20 de noviembre.
Por su parte, Japón aparece en el Grupo E de la Copa del Mundo con las selecciones de Alemania, España y Costa Rica.
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