Condenado por tribunales de la potencia ocupante a cinco penas de cadena perpetua más 40 años, Barghouti, electo al Consejo Nacional Palestino (parlamento) en 2006, rehusó defenderse de las acusaciones por considerar que el juicio era ilegal.
En 2017 Barghouti organizó y participó en una huelga de hambre masiva de hasta mil 500 presos palestinos en cárceles israelíes, en demanda del fin del trato degradante de las autoridades penitenciarias, así como de las torturas y celdas de aislamiento y de las detenciones administrativas.
La detención administrativa, establecida por Reino Unido durante su dominio colonial de Palestina, autoriza a los ocupantes israelíes a detener sin acusación o pruebas a cualquier persona que considere sospechosa de activismo nacionalista, a las cuales se niega acceso a defensa letrada.
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