El tribunal solía determinar la composición, los órganos de dirección legislativa y la representación de cada partido en la Comisión Permanente e impugnar a sus integrantes.
Pero con mayoría de 27 votos contra 11, la comisión avaló una iniciativa del oficialista partido Morena y sus aliados, de reforma a la Ley General del Sistema de Medios de Impugnación en Materia Electoral y cerrar la puerta a fallos injerencistas del tribunal en decisiones internas de las dos cámaras. Según legisladores de Morena, el argumento para que ningún partido o bancada pueda impugnar cómo se constituyen las bancadas y cómo la mayoría decide qué legisladores pueden o no integrarse a la Comisión Permanente, fue validado después de dos fallos recientes muy controvertidos de los magistrados electorales.
Los fallos sobre temas operativos comunes fueron calificados por Morena como una pretensión injerencista de los magistrados en los acuerdos internos del Congreso.
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