Cerúndolo, número 31 de la clasificación profesional y revelación de la justa, perdió ante el 16 del ranking mundial en una hora y 15 minutos de juego.
El europeo, semifinalista de los dos últimos torneos de Grand Slam, pugnará ahora frente a su compatriota Daniil Medvedev por un boleto a su primera final de Masters mil desde el 2018.
Por su parte, el sudamericano quedó a un paso de repetir la actuación del año pasado, cuando se convirtió en el tenista de menor ranking mundial (103) en llegar a las semifinales del prestigioso torneo.
Este jueves Cerúndolo solo consiguió dos puntos por directo frente a siete del ruso, concretó un quiebre en tres oportunidades ante Khachanov, quien consiguió cuatro en seis ocasiones y cometió 22 errores no forzados por nueve del ganador.
Además, conquistó el 69 por ciento de los puntos con el primer servicio, inferior al 81 de su rival, y solo llegó al 25 con el segundo saque, bien distante al 53 del europeo.
Mañana Khachanov enfrentará a su compatriota Daniil Medvedev, cuarto cabeza de serie, quien eliminó al estadounidense Christopher Eubanks por 6-3 y 7-5.
En el cuadro femenino, la checa Petra Kvitova, 15 preclasificada, accedió a las semifinales con un triunfo ante la rusa Yekaterina Aleksandrova por 6-4, 3-6 y 6-3.
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